Baza MySQL ma wiele mechanizmów (silników) zarządzania danymi – obecnie jednym najczęściej używanych jest MyISAM. Jego cechą charakterystyczną jest to, że kolejne rekordy doklejane są zawsze na końcu pliku. Tak zdefiniowana struktura bazy niesie wiele korzyści, m.in. dodawanie informacji jest bardzo szybkie, ponieważ nie trzeba szukać miejsca dla nowego obiektu.